Bayraklı Eğitim Modeli çocukların psikolojik iyi oluşlarının öğrenme sürecindeki en önemli faktörlerden biri olduğunu kabul eder. Bu yüzden okullarımızda görev alan psikologlar ve rehber öğretmenler düzenli olarak çocukları gözlemler ve bu konuda sınıf öğretmenleri ile iş birliği içerisinde çalışır. Gerekli durumlarda ise gözlem ve görüşlerini aileler ile paylaşarak birlikte yol haritaları çıkartabilirler. Ayrıca aylık düzenlenen veli seminerleri ile de velilerin çocuklarıyla kurdukları iletişimi desteklemeyi amaçlarlar.
BEMO’nun farklılıklarımızla bir arada yaşıyoruz ilkesinden yola çıkarak her sınıfımızda özel gereksinimli çocuklar için kontenjan ayrılır. Bu çocukların eğitimi halihazırda destek aldıkları özel eğitim kurumları ile işbirliği içerisinde planlanır.
BEMO’nun psikolojik yaklaşımının temelinde psikoloji biliminin ürettiği bilgiler yer almakla birlikte konuya ilişkin eleştirel yaklaşımlar da dikkate alınır. Bu eleştirel yaklaşımların ışığında BEMO okullarında çocuklarda gözlemlenen sorun davranışlar sadece o çocuğun problemi olarak ele alınmaz. Sorun davranış ortaya çıktığı çevresel koşullarla birlikte ve o çevrede yaşayan tüm bireylerin ortak sorunu olarak ele alınır. Sorunun çözümünde tüm bireylerin işbirliği içerisinde çalışması gerektiğine inanılır.
Buradan yola çıkarak okulda karşılaşılan sorunlar için temel çözüm mekanizması olarak “barış masaları” kullanılır. Bu masalarda sorun yaşayan taraflar gözlemci çocuklar ve yetişkinler eşliğinde tartışarak çözüm üretmeye çalışır. Bu sayede hem çocukların sorun çözme becerileri gelişir hem de sorunun çözümü tüm grubun katkısı sonucu ortaya çıkar.
Motor ya da bilişsel işlevlerinde farklılık olduğu tespit edilen çocuklar ise profesyonel destek için yönlendirilir.